Phim lấy bối cảnh thành phố Ryme, nơi con người và các Pokémon sống chung với nhau. Nhân vật chính của phim là Tim Goodman, một anh chàng có ước mơ làm Huấn luyện viên Pokémon nhưng đã phải từ bỏ đam mê sau khi cha anh – một cảnh sát mẫn cán - mất tích trong một vụ tai nạn ô tô. Một ngày, Tim bỗng nhiên phát hiện ra một chú Pikachu đi lạc vào nhà mình, nhưng ngạc nhiên hơn cả là anh nghe được nó nói gì thay vì những tiếng “Pika, Pika” quen thuộc. Cả hai cùng dấn thân vào cuộc điều tra những vụ mất tích bí ẩn trong thành phố, để rồi từ đó phát hiện ra những bí mật không ngờ tới đằng sau sự mất tích của cha Tim.
